دفاع فعال، تهاجمی و علمی از مکتب اهل بيت: در برابر شبهات و تهمت ها.
شناخت عقائد و آموزه های مذاهب اسلامی و نقد و بررسی آن بر اساس آموزه های اهل بيت:.
نهادينه کردن پژوهش محوری و مطالعه روش مند در زمينه مذاهب اسلامی.
نگاه تطبيقی و مقارن در بررسی آموزه ها و عقائد مذاهب اسلامی.
تربيت و پرورش محققين و پژوهش گران در زمينه مذاهب اسلامی با تأکيد بر اثبات حقانيت مذهب اهل بيت:.
استفاده از محققين و پژوهش گران اين مرکز در کرسی های تدريس، هيأت های علمی، نشستهای تخصصی، کنفرانسها، اتاق فکر وزارتخانه و سازمان های مرتبط با امور مذاهب اسلامی.
ارائه قراءت جديد و مطابق با ديدگاه اهل بيت: از مسأله وحدت مذاهب اسلامی.
نگاهی واقع بينانه و جامع نسبت به مسائل و آموزه های مذاهب اسلامی.
برقراری رابطه فعال با ساير مراکز حوزوی و دانشگاهی همسو با اين رشته.
نشر آثار پژوهشی دانش آموختگان اين مرکز در قالب کتاب، مقاله و ... و عرضه آن به جامعه علمی کشور.