انديشمندان اهل سنت با حمايت حاکمان از دير باز نگاهی نقادانه به فرهنگ و معارف شيعی داشته اند و همواره پرسشها و شبهاتی را مطرح می کرده اند که اين رويکرد با پيروزی انقلاب شکوهمند اسلامی ايران به رهبری امام خمينی; با روشهای مدرن و با استفاده از همه امکانات و با حمايت استکبار جهانی در سطح وسيعی گسترش يافته است. اين تهاجمها در سالهای اخير گسترش چشم گيری داشته است به گونه ای که نگاه ساير مسلمانان را نسبت به شيعيان و مذهب شيعه غبار آلود و گاه خشم آگين کرده است. تمامی اين شبهات و تهمت ها به خاطر برنتابيدن حاکميت مذهبی بود که در همه اعصار اسلامی به حاشيه رانده می شد. موج عظيمی که انقلاب اسلامی ايران بر پايه اسلام اصيل در دنيای امروز پديد آورد، از يک سو بيداری جهان اسلام و بلکه بشريت را در توانمندی حاکميت قرآن و مذهب اهل بيت: در پی داشته و قدرت بی بديل مذهب در اداره شؤونات فردی و اجتماعی بشر را به نمايش گذاشت. و از سويی ديگر هجمه ها و حملات ابرقدرتهای جهانی را عليه ايران اسلامی و مبانی بر آمده از صميم قرآن و عترت به دنبال داشت. از آنجايی که انقلاب اسلامی قبل از اينکه مبنای اقتصادی، سياسی، اجتماعی، فرهنگی و ... داشته باشد مبنای دينی و عقيدتی داشته و ريشه در اسلام ناب محمدی9 و مذهب اهل بيت: دارد، حملات استکبار جهانی عليه مذهب شيعه متمرکز شده است و با ترفندهای گوناگون سعی در تضعيف ايران شيعی دارند. يکی از ترفندهای دشمنان اسلام، سازماندهی و تحريک فرق و مذاهب اسلامی غير شيعی عليه شيعه است. اين گروه ها با شبهه پراکنی، تهمت و افتراء، درصدد ناکارآمد جلوه دادن آموزه های شيعی و ايجاد تنفر از اين مذهب در بين مسلمين هستند. البته متون و دانشهای شيعی در جوامع حوزوی و دانشگاهی مورد تدريس و تحقيق بوده و از اين رهگذر تا حدودی پاسخ گوی سؤالات و نيازهای درونی جامعه شيعی بوده اند؛ اما گستردگی و تنوع مطالعات و موج شبهات با قالبهای امروزی آن عليه مذهب شيعه اين پاسخگويی را در حالت تدافع و انفعال قرار داده است. خروج از اين حالت و تبديل موضع دفاعی به موضع تهاجمی و فعال ضرورت شکل گيری مرکزی مستقل و متمرکز در اين باره را بازگو می کند. اين مهم، رسالت حوزه های علميه را دو چندان کرده و بايد در راستای دفاع از کيان مذهب با برنامه ريزی، شاگردانی توانمند و مسلط بر اصول و مبانی همه فرق اسلامی را تربيت کند.

مرجع فقيد و بصير جهان تشيع آيت الله العظمی فاضل لنکرانی; در راستای تحقق اهداف استاد خويش و بنيان گذار کبير انقلاب اسلامی حضرت آيت الله امام خمينی; و با درک چنين ضرورتی در سال 1383 اقدام به تأسيس موسسه آموزش عالی ائمه اطهار (علیهم السلام ) نموده است