کتابخانه تخصصی موئسسه ائمه اطهار با برخورداری از 11004 جلد کتاب، دارای سه قسمت، سالن مطالعه، مخزن کتب و آطاق پژوهش می‌باشد. این کتابخانه از نوع قفسه باز بوده و کتب تخصصی در آن نگهداری شده و در اختیار محققین قرار داده می‌شود. کتابخانه به ترتیب دارای 117بخش می‌باشد:

1 – علوم قرآن دارای 184 جلد کتاب

2- تفسیر شیعه و اهل سنت دارای 400 جلد کتاب

3- علوم حدیث دارای150 جلد کتاب

4-حدیث شیعه و اهل سنت  دارای 1350 جلد کتاب

5- رجال شیعه و اهل سنت. دارای 850 جلد کتاب.

6- تاریخ عمومی تاریخ اسلام و علوم تاریخ دارای 420 جلد کتاب

7-تاریخ وسیره پیامر اکرم صلی الله علیه و آله دارای 250 جلد کتاب

8- تاریخ وسیره حضرت زهرا و ائمه اطهار علیهم السلام 1250 جلد

9-لغت و ادبیات 200 جلد کتاب

10 اصول و فقه شیعه و اهل سنت 1000 جلد کتاب

11- کلام شیعه واهل سنت 250 جلد

12- امامت دارای 650 جلد کتاب

13- وهابیت و تکفیر 350 جلد کتاب

14- تقریب مذاهب 100 جلد کتاب

15- فرقه ها، مذاهب و ادیان 150  جلد کتاب

16- ادعیه و اخلاق 200 جلد کتاب

17- کتاب های متفرفه 3250

لازم به ذکر است  در این کتابخانه چهار دستگاه کامپیوتر برای جستجوی مطالب و کتب مورد نیاز در خدمت پژوهشگران قرار گرفته است.